Program Magister Pendidikan Bahasa Arab (PBA) Universitas Islam Internasional Darullughah Wadda’wah memiliki struktur organisasi yang komprehensif dengan pembagian tugas dan fungsi yang jelas. Lebih lanjut, struktur organisasi menunjukkan staffing dan  tata hubungan antar organ serta mekanisme dan sistem kontrol. Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Arab (PBA) berada di bawah naungan Program Pascasarjana Universitas Islam Internasional Darullughah Wadda’wah (UII Dalwa) sebagai bagian dari struktur kelembagaan yang mendukung penyelenggaraan pendidikan tinggi pada jenjang magister dan doktor. Program Pascasarjana UII Dalwa menaungi sejumlah program studi strategis yang berorientasi pada pengembangan keilmuan Islam integratif, penguatan tata kelola pendidikan, serta peningkatan kualitas sumber daya manusia di bidang pendidikan Islam.

Pada tingkat Program Pascasarjana, Direktur Pascasarjana memimpin dan mengkoordinasikan seluruh kegiatan akademik dan administratif, didukung oleh Wakil Direktur sesuai bidang tugas masing-masing. Pengelolaan akademik dilakukan secara terintegrasi untuk menjamin mutu penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat pada seluruh program studi, termasuk Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam. Senat Pascasarjana berperan sebagai lembaga normatif dan strategis dalam perumusan kebijakan akademik, pengembangan kurikulum, serta evaluasi kinerja dosen dan mutu akademik.

Di tingkat program studi, Ketua Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Arab bertanggung jawab langsung terhadap perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi kurikulum, proses pembelajaran, kegiatan penelitian, serta pengabdian kepada masyarakat. Ketua Program Studi juga memastikan pelaksanaan penjaminan mutu internal, ketercapaian standar nasional pendidikan tinggi, serta keberlanjutan akreditasi program studi. Dalam menjalankan tugasnya, Ketua Program Studi berkoordinasi dengan dosen, tenaga kependidikan, dan pimpinan Pascasarjana guna menciptakan iklim akademik yang kondusif dan berdaya saing.

Proses pemilihan dan penempatan personil pengelola Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Arab dilaksanakan berdasarkan 5 prinsip good governance, yaitu kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab, dan adil. Direktur dan Wakil Direktur Pascasarjana ditetapkan oleh Rektor melalui mekanisme seleksi sesuai ketentuan universitas. Ketua Program Studi diangkat oleh Rektor berdasarkan usulan / rekomendasi Direktur Pascasarjana dengan mempertimbangkan kesesuaian kualifikasi akademik, kepangkatan, kompetensi manajerial, serta rekam jejak akademik. Penempatan dosen dan tenaga kependidikan disesuaikan dengan kualifikasi akademik dan kebutuhan program studi, sementara rekrutmen tenaga administrasi dilakukan melalui mekanisme seleksi terbuka yang diselenggarakan oleh Universitas Islam Internasional Darullughah Wadda’wah.

Mekanisme kontrol diterapkan melalui evaluasi berkala. Penilaian kinerja dosen dilakukan melalui rapat koordinasi, audit internal mutu akademik, survei kepuasan mahasiswa, serta tracer study terhadap alumni. Audit internal berbasis digital dilaksanakan oleh Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) universitas. Gugus Kendali Mutu (GKM) di tingkat fakultas dan unit penjaminan mutu di tingkat program studi bertugas memastikan kualitas pelaksanaan akademik dan pengembangan institusi melalui audit internal dan evaluasi berkelanjutan. Sistem pengaduan dan sanksi tersedia untuk menindak pelanggaran.

Struktur tata kelola dirancang memenuhi prinsip good governance yang mencakup komitmen terhadap Kredibilitas yang tercermin dari kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan serta keterbukaan terhadap audit eksternal dan umpan balik dari seluruh pemangku kepentingan untuk perbaikan berkelanjutan. Prinsip Transparansi melalui penyampaian informasi publik secara terbuka via laman web Program Pasca Sarjana. Akuntabilitas melalui pelaporan dan audit kegiatan serta anggaran secara rutin, Responsibilitas melalui kejelasan peran dan tanggung jawab setiap unsur, partisipasi melalui pelibatan dosen, tenaga kependidikan, mahasiswa, dan alumni dalam forum pengambilan keputusan, serta Keadilan melalui penerapan sistem merit dan kesempatan setara dalam pengembangan karier. Dukungan sistem digital seperti SIAKAD dan SIMKEU memperkuat efisiensi pemanfaatan sumber daya. Magister Pendidikan Bahasa Arab juga memiliki staf dengan sistem pengelolaan arsip terdigitalisasi untuk memastikan efisiensi dan keamanan dokumentasi.